Quốc hội (国会) là cơ quan lập pháp lưỡng viện, gồm Chúng nghị viện và Tham nghị viện, Hiến pháp quy định làm "cơ quan quốc quyền tối cao" và "cơ quan lập pháp duy nhất nước", nghị viên đều bầu trực tiếp theo lối song song và có bảo đảm hiến định rằng không có kỳ thị theo tư cách nghị viên, bất kể "nhân chủng, tín điều, giới tính, thân phận xã hội, môn địa, giáo dục, tài sản hay thu nhập." Vì vậy Quốc hội phản ánh chủ quyền nhân dân, là trong trường hợp này quyền tối cao thuộc về nhân dân Nhật Bản.[7][52]

Nhiệm vụ Quốc hội bao gồm làm luật, phê duyệt ngân sách quốc gia hằng năm, phê chuẩn việc đế kết hiệp ước và chỉ định Thủ tướng, ngoài ra còn có quyền đề xuất tu chính án hiến pháp, nếu thông qua thì nộp cho nhân dân chấp thuận trong cuộc trưng cầu dân ý trước khi Thiên hoàng ban hành nhân danh nhân dân.[53] Hiến pháp cho phép hai viện điều tra vấn đề quan hệ với chính phủ, yêu cầu nhân chứng, chứng nhân có mặt, xuất trình tài liệu và Thủ tướng và Đại thần có mặt để trả lời hoặc giải thích nếu cần.[38] Quốc hội cũng có thể miễn chức thẩm phán phạm tội hay cư xử sai. Tuy nhiên, Hiến pháp không quy định thể thức bầu cử, số nghị viên mỗi viện và các vấn đề khác về cách bầu nghị viên, để luật pháp quy định.[54]

Theo điều khoản Hiến pháp và pháp luật, mọi người trên 18 tuổi có quyền bỏ phiếu theo lối phổ tuyển và bỏ phiếu kín, những người đắc cử được miễn bắt giam trong khi Quốc hội họp.[55] Nghị viên có đặc quyền nghị sự về lời nói, tranh luận và biểu quyết ở Quốc hội, mỗi viện đảm nhiệm kỷ luật nghị viên. Phiên họp công khai, trừ phi ít nhất hai phần ba số nghị viên có mặt thông qua nghị quyết họp kín. Quốc hội cũng cần ít nhất một phần ba số nghị viên một trong hai viện có mặt để làm việc,[56] quyết định theo đa số có mặt, trừ phi Hiến pháp quy định khác; trong trường hợp có kết quả hòa thì Nghị trưởng có quyền quyết định. Nghị viên không thể bị khai trừ, trừ phi ít nhất hai phần ba số có mặt thông qua nghị quyết.[57]

Theo Hiến pháp, Quốc hội phải triệu tập ít nhất một lần mỗi năm, Nội các có thể tùy ý triệu tập khóa họp đặc biệt, bắt buộc phải nếu một phần tư tổng số nghị viên một trong hai viện yêu cầu.[58] Trong kỳ bầu cử, Chúng nghị viện bị giải tán, còn Tham nghị viện thì chỉ đóng cửa và có thể triệu tập trong khóa khẩn cấp nếu có khẩn cấp quốc gia.[59] Thiên hoàng triệu tập Quốc hội và giải tán Chúng nghị viện, nhưng chỉ theo lời khuyên Nội các.

Dự luật để trở thành luật thì phải có hai viện Quốc hội thông qua, Đại thần ký, Thủ tướng phó thư và Thiên hoàng ban hành, tuy nhiên Thiên hoàng không có quyền phủ quyết.

Chúng nghị viện

Chúng nghị viện (衆議院) là hạ viện, có thành viên bầu mỗi bốn năm hoăc khi bị giải tán có nhiệm kỳ bốn năm.[60] Đến ngày 18 tháng 11 năm 2017 có 465 nghị viên, 176 bầu từ 11 khu tuyển cử đa ứng viên theo lối đại diện tỷ lệ đảng đơn, 289 bầu từ khu đơn ứng viên; cần 233 để có đa số. Chúng nghị viện mạnh hơn và có thể phủ quyết quyết định từ chối dự luật của Tham nghị viện bằng đa số hai phần ba, nhưng có thể bị Thủ tướng giải tán tùy ý.[36] Nghị viên phải có Nhật tịch, người đến 18 tuổi có quyền bỏ phiếu, người trên 25 có quyền tranh cử.[55]

Quyền lập pháp của Chúng nghị viện mạnh hơn; dù Tham nghị viện có thể từ chối hầu hết quyết định Chúng nghị viện, nhưng chỉ được trì trệ vài, bao gồm luật về hiệp ước, ngân sách và việc chỉ định Thủ tướng. Ngược lại, Thủ tướng và toàn thể Nội các có thể giải tán Chúng nghị viện mọi lúc,[36] tuy chính thức giải tán khi văn kiện chuẩn bị, nhưng trong thật tế chỉ theo lễ giải tán như sau:[61]

1. Văn kiện được Thiên hoàng phê chuẩn chính thức và bọc bằng miếng vải lụa tím, biểu thị văn kiện là hành vi quốc quyền làm nhân danh nhân dân.
2. Văn kiện giao cho Trưởng quan quan phòng Nội các ở Sảnh tiếp đãi của Nghị trưởng Chúng nghị viện.
3. Văn kiện chuyển đến Nghị sảnh cho Tổng bí thư chuẩn bị
4. Tổng bí thư chuẩn bị văn kiện cho Nghị trưởng đọc
5. Nghị trưởng Chúng nghị viện tuyên bố giải tán ngay
6. Chúng nghị viện chính thức bị giải tán.

Thông thường, khi Chúng nghị viện bị giải tán, các nghị viên sẽ tung hô Vạn tuế (萬歲).[61][62]

Tham nghị viện

Tham nghị viện (参議院) là thượng viện, một nửa thành viên bầu mỗi ba năm, có nhiệm kỳ sáu năm. Đến ngày 18 tháng 11 năm 2017 có 242 thành viên, 73 bầu lên từ 47 khu huyện theo lối bỏ phiếu cố định duy nhất, 48 từ danh đơn toàn quốc theo lối đại diện tỷ lệ có danh đơn mở. Tham nghị viện không thể bị Thủ tướng giải tán. Nghị viên phải có Nhật tịch, người trên 18 tuổi có quyền bỏ phiếu, người trên 30 có quyền tranh cử.[55]

Bởi Tham nghị viện có thể phủ quyết quyết định Chúng nghị viện nên có thể buộc phải cân nhắc lại. Tuy nhiên, Chúng nghị viện có thể dứt ý mà từ chối phủ quyết bằng đa số hai phần ba số nghị viên có mặt. Mỗi năm và khi cần thiết, Quốc hội do Thiên hoàng triệu tập ở Nghị sảnh Tham nghị viện theo lời khuyên Nội các trong khóa họp thêm hay thường lệ. Thường thì Nghị trưởng Chúng nghị viện phát biểu ngắn trước khi Thiên hoàng triệu tập Quốc hội bằng bài phát biểu vương vị.[63]